重庆交通大学是国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授权单位。1985年开始招收硕士研究生，2007年开始招收博士生。截至2024年10月，在读研究生7500余人，其中在读博士近600人，全日制硕士研究生近6300人，非全日制硕士研究生620余人。学校现有研究生导师1700余人，其中校内导师1126人（博士生导师162人，硕士生导师964人），校外导师588人（博士生导师54人，硕士生导师538人）。

学校学科体系不断完善，形成了“陆-水-空-轨”一体、交通特色鲜明的学科专业体系。学校现有土木工程、水利工程、交通运输工程、管理科学与工程、系统科学5个一级学科博士学位授权点，土木水利、交通运输2个博士专业学位授权点，土木工程等18个一级学科硕士学位授权点，土木水利等15个硕士专业学位授权类别。其中“工程学”学科进入ESI全球学科排名前1%，土木工程、水利工程、交通运输工程3个学科获批重庆市“十四五”一流学科，系统科学、力学、机械工程、材料科学与工程等16个学科入选重庆市“十四五”重点学科，智能交通、智慧城市、智能建造、智能水利4个学科群入选重庆市“人工智能+”学科群。学校是重庆市卓越工程师学院试点高校，也是成渝双城经济圈卓越工程师创新研究院试点高校。

研究生招生规模不断扩大，生源质量稳步增长，博士研究生招生主要采用申请考核、硕博连读、直博生三种招生选拔方式，利用中外双导师联合培养计划、长江生态联合研究生院专项计划，近年来连续获“重庆市研究生招生先进单位”荣誉称号。为了适应创新型国家建设对工程技术领军人才的迫切需求，我校积极推进专业学位博士研究生招生计划。近5年来，获批教育部学位与研究生教育发展中心主题案例2项，重庆市研究生教育教学改革项目71项，研究生课程思政示范项目20个，研究生科研创新项目博士项目73个、硕士项目268个；2018年以来，获批重庆市研究生联合培养基地81个、研究生导师团队26个、专业学位案例库21个；获得研究生创新实践竞赛182项，全国一等奖6项、二等奖64项、三等奖101项，学校荣获第十六届研究生数学建模优秀组织奖、第十七、十八、十九届研究生电子设计竞赛西南赛区优秀组织奖。第十九届研究生电子设计竞赛全国优秀组织奖。第二届中国研究生“双碳”创新与创意大赛全国优秀组织奖。近5年来获得市级优秀硕博论文70余篇。